Il Diario di Anna Frank fu pubblicato postumo da suo padre nel 1947. l'originale è esposto, come parte dell'esibizione permanente, all'interno del museo a lei interamente dedicato.

La famiglia Frank dovette nascondersi nel 1942, quando ai primi ebrei olandesi venne comunicato di doversi recare nei campi di lavoro. Il loro nascondiglio era situato nello scantinato dell'edificio dove il padre di Anna, Otto Frank, lavorava da quando dovette fuggire dalla Germania nel 1933. Divisero questo rifugio con la famiglia del collega di Otto, i Van Pels.

Per più di due anni, in questo luogo vissero segretamente otto persone, tagliati fuori dal mondo esterno e noti soltanto ad una manciata di impiegati di Otto. Nell'Agosto del 1944, furono scoperti dai nazisti. Anna Frank fu deportata ad Auschwitz e poi nel campo di concentramento di Bergen-Belsen, dove morì insieme a sua sorella Margot nelle ultime settimane prima della fine della guerra, lasciando Otto come unico superstite della famiglia.

Le stanze della mansarda segreta sono state mantenute nel loro stato originale grazie a delle coscenziose attività di conservazione, mentre la casa adiacente è stata rinnovata. Qui vengono fornite informazioni riguardo il diario ed il suo significato nell'esibizione durante tutto l'anno.

L'importanza del diraio di Anna Frank risiede non nel fatto che lei fosse ebrea, neanche nel suo stato di vittima di persecuzione; esso è universalmente conosciuto come il testamento di una normale ragazza in circostanze eccezionali. La visita alla Casa di Anna Frank è stata un'esperienza toccante per milioni di persone da tutto il mondo.